39  散点密度图

39.1 什么是散点密度图？

散点密度图是在散点图的基础上，计算了每个散点周围分布了多少其他的点，并通过颜色表现出来。

当数据很多的时候，散点图上的点就会存在很多重叠，这时候比较难以看出其分布特征，需要一个辅助的指标来了解密集程度，通常用颜色图例来标识密集程度。

本文我们就来讨论一下散点密度图是如何绘制的以及如何对其进行解读。

39.2 绘图前的数据准备

demo数据可以在https://www.bioladder.cn/shiny/zyp/bioladder2/demoData/scatterDensity/demo.txt下载。

数据包含2列，需要有列名。第一列是x轴坐标，第二列是y轴坐标。

39.3 R语言怎么画散点密度图

library(ggpointdensity)
library(ggplot2)

# 读文件
df = read.delim("https://www.bioladder.cn/shiny/zyp/bioladder2/demoData/scatterDensity/demo.txt")

# 绘图
ggplot(df,aes(x=df[,1],
              y=df[,2])
)+
  geom_pointdensity(adjust = 4)+                              # adjust：设置neighbors范围
  theme_bw()+ 
  scale_color_distiller(palette = "Spectral", direction = -1) # 设置连续型颜色

39.4 BioLadder生信云平台在线绘制散点密度图

不想写代码？可以用BioLadder生信云平台在线绘制散点密度图。

网址：

散点密度图-BioLadder生物信息在线分析可视化云平台​www.bioladder.cn/web/#/chart/65